Обе части слова пишутся со строчной буквы, в середине пишется дефис: баба-яга.
Для обозначения женского сказочного персонажа, увы, по-прежнему в различных нормативных словарях предлагаются самые разные варианты написания имени этого сказочного персонажа.
Наиболее обоснованным представляется вариант написания - Баба Яга - в 2 слова, без дефиса, обе части слова - с заглавной буквы.